Sekce, ústavy a kliniky

Základními organizačními jednotkami Fakulty veterinárního lékařství jsou 4 sekce, centrální klinická laboratoř a děkanát.
Sekce se dále člení na ústavy a kliniky.

Sekce morfologie a fyziologie - sekční rada prof. MVDr. František Tichý, CSc.
   Ústav anatomie, histologie a embryologie
   Ústav fyziologie

Sekce patobiologie - sekční rada prof. MVDr. RNDr. Petr Hořín, CSc.
   Ústav patologické morfologie
   Ústav parazitologie
   Ústav mikrobiologie a imunologie
   Ústav genetiky
   Ústav infekčních chorob a epizootologie

Sekce chorob malých zvířat - sekční rada prof. MVDr. Zdeněk Knotek, CSc.
   Ústav farmakologie
   Klinika chorob ptáků, plazů a drobných savců
   Klinika chorob psů a koček

Sekce chorob velkých zvířat - sekční rada Prof. MVDr. Jaroslav Hanák, DrSc.
   Klinika chorob koní
   Klinika chorob přežvýkavců
   Klinika chorob prasat

Centrální klinická laboratoř -
přednosta: prof. MVDr. Jaroslav Doubek, CSc.
sekretářka: Jarmila Kolaříková